Realizácia investičných projektov v železničnej doprave na Slovensku čelí výrazným časovým omeškaniam, čo negatívne ovplyvňuje plnenie míľnikov a čerpanie finančných prostriedkov z Plánu obnovy a odolnosti SR. Vyplýva to zo správy Najvyššieho kontrolného úradu (NKÚ) SR, ktorú vláda vzala na vedomie. NKÚ preveril osem projektov modernizácie železničnej infraštruktúry v hodnote takmer 430 miliónov eur. Kontrola odhalila nízke čerpanie prostriedkov, keď k 13. novembru 2025 bolo vyčerpaných len 235 miliónov eur, čo predstavuje 55 % z celkových oprávnených výdavkov. Zostáva vyčerpať viac ako 193 miliónov eur v obmedzenom časovom období. Omeškania v kľúčových procesoch, ako sú majetkovoprávne vysporiadanie pozemkov a verejné obstarávania, spôsobili neskoré začatie výstavby. Tieto problémy odhalili systémové nedostatky v železničnej doprave, vrátane nedostatočných personálnych kapacít a zastaranej infraštruktúry. Ministerstvo dopravy uviedlo, že napriek zisteniam NKÚ eviduje výrazný posun v realizácii projektov a aktívne pracuje na ich dokončení v rámci oprávneného obdobia, aby sa predišlo prepadnutiu finančných prostriedkov.